Для участия в «Яндекс.Фабрике» свой проект можно представить на дне открытых дверей «Яндекс.Старт», который проходит в компании регулярно. Заявку на участие можно отправить напрямую «Яндексу» или партнерам компании, которые помогают в отборе стартапов. В настоящий момент у «Яндекса» более десяти партнеров, один из них в Украине. Полный список партнеров и подробности о проекте можно найти на сайте «Яндекс.Фабрики».
«Яндекс» целенаправленно работает со стартапами с июня 2010 года. За это время в компании прошли три «Яндекс.Старта», по результатам которых компания приобрела технологии сервисов WebVisor и Loginza.