Вже багато разів було сказано, що експеримента виникало багато запитань, наприклад щодо походження перших восьми мишей, від яких почалася вся популяція. Не було відомостей, чи не були вони братами й сестрами з одного виводку, а близькоспоріднені зв’язки могли суттєво вплинути на наступні покоління.

У загоні, де проводився експеримент, температура іноді піднімалася до +32 градусів, що створювало некомфортні умови для мишей. Прибирання там відбувалося лише раз на один-два місяці, тож більшу частину часу тварини жили серед бруду — фекалій, сечі, залишків їжі та навіть трупів.

Методи підрахунку мишей також залишали питання, адже точного опису не надавали, а чисельність оцінювали лише приблизно. На завершальному етапі Келхун звернув увагу на появу так званих «мишей-красунчиків» — особин, які не боролися за самок чи територію, не цікавилися розмноженням, а лише їли, спали та доглядали за своєю шерстю. Він вважав таку поведінку дивною, але не уточнив, скільки років було цим мишам. Хоча відомо, що середній вік мишей на той час сягав 770 днів — період, коли самці вже давно не здатні до розмноження, тож подібна поведінка могла бути для них цілком природною.

До того ж причини високої смертності та безпліддя самок так і не отримали вичерпного пояснення. Загін не був ізольований від можливих інфекцій, які могли вплинути як на здоров’я мишей, так і на їхню здатність давати потомство.